这份交互式研究综述按「九道递送关卡」重组了 7 种病毒机制原型、评估了 22 个 VLP 平台、审查了 33 条生成式蛋白设计记录，并把知识压成带证据等级、可被杀死的状态转移记录。它不是结论展示，而是一张可以继续被证据修正的递送机制地图。
LNP（脂质纳米颗粒）领域的标准表示是四组分摩尔比 + 粒径 + PDI + 包封率 + zeta 电位，然后直接回归到一个终点：表达量。这就像快递公司只记录「包裹重量、纸箱颜色 → 客户打了几分」，却从不追踪包裹在哪个环节丢了。这个 Agent 学到的第一件事就是：递送不是扁平映射，而是分段门控的状态转移过程。
一个细胞能内化 10²–10⁴ 个 LNP 颗粒，但其中只有约 1–2% 的 siRNA 能逃出内体进入胞质。大部分 cargo 的去向不是「进不去」，而是被 NPC1 依赖的循环通路又送出了细胞。
用总荧光/总表达当读出，会同时混进摄取、逃逸、释放、翻译四个环节——项目规范 R6 因此规定：单一总读出的记录，证据等级上限只能是 C。
成功概率 = 路径选择 × 每道关卡的通过概率，环环相扣：
最小描述单位不是 颗粒 → 结果，而是 颗粒 × 宿主 × 路径 × 区室 × 时间 × assay → 状态转移。宿主不是测试环境，宿主是递送系统的一部分。
定量成像测定 LNP 的 siRNA 内体逃逸率（~1–2%）与逃逸时间窗；NPC1 依赖的循环外排是 siRNA 的主要去向（敲低 NPC1 提高递送效率）——「限速环节部分不是进不去，而是被送出去了」。全部 DOI 经 OpenAlex 逐条核验、零撤稿，见 data/Anchor_Literature_Pack.csv（30 篇）与 data/Primer_Citations.csv（135 条）。
传统病毒学按科属教学（正黏病毒科→冠状病毒科→……），同一个物理问题被拆散到互不相通的章节。这个 Agent 换了一种学法：按物理事件把任何递送过程切成九道关卡（G0–G8）。于是流感的 HA 融合、腺病毒的 protein VI 裂解、呼肠孤病毒的 μ1 成孔第一次可以被并列比较——它们分子实现完全不同，要解决的物理约束却是同一个。点击下方关卡节点，逐个探索。
病毒触发器不是「pH 低于某值就开」的单条件开关，而是带 AND/OR 逻辑、可逆性、顺序约束的条件系统。下面用 SARS-CoV-2 的真实触发逻辑做一个玩具——把条件逐个打开，看颗粒何时才被允许融合：
对照三种触发哲学：
Primer 的最核心主张：递送失败通常不是某道关卡效率低，而是关卡之间的耦合被破坏或时序错配。
| 变量 | 有利于 | 不利于 |
|---|---|---|
| 致密 PEG 覆盖 | G0 存续、G1 黏液穿透 | G2 识别、G3 摄取 |
| 高包封稳定性 | G0 cargo 完整性 | G6 释放 |
| 低 pKa（更晚活化） | 避免 G0/G3 期间过早活化 | G4 可能错过 late endosome 窗口 |
| 破裂式 G5 策略 | 大 cargo 通过（无尺寸上限） | G8 膜损伤代价 |
| 彻底解包 | G6 cargo 可用性 | G8 免疫可见性 |
| 强免疫激活 | 疫苗适应症的 G8 目标 | 蛋白替代/重复给药的 G8 代价 |
| 高受体亲和力 | G2 结合 | 可能滞留表面或首过器官，损害 G1 分布 |
这张表是 Claim C1（递送是分段门控而非扁平映射）的机制论证核心：若递送是扁平映射，就不应存在同一变量在不同阶段方向相反的系统性权衡；这些权衡的存在意味着单调的 composition→endpoint 模型必然在某些区域给出错误的梯度方向。
规划文档规定：不学「病毒科属百科」，按机制原型学习。八个原型构成 ontogeny 骨架——七位 Agent 互不通信、各自深读全文，产出 264 条状态转移事件（证据 A 138 / B 100 / C 15 / D 11，DOI 全核验零撤稿），每张卡包含状态转移、因果证据、失败模式与 LNP 对照。Reovirus 卡因全文渠道闭源缺席——它被如实标记为缺席，而不是被编造出来。
忠实度说明：卡片原文记 NA / abstract_only 的定量值（如 AAV 的 PLA2 周转数、Pinto 1992 M2 电生理参数、Stahnke 2010 闭源全文）一律保留 NA，未补猜。
原框架只有「病毒 vs LNP」二元对齐。VLP 与 de novo 设计 cage 是两个信息量最大的中间类别：VLP 问「剥掉复制能力后，病毒的递送胜任度还剩多少」；设计 cage 问「完全不借病毒序列，只靠几何与热力学能达到哪些 gate」。把四类放进同一张 9-gate 矩阵，读出的不是「谁更像病毒」，而是互补格局。（点击格子看证据细节）
图例：🟩 solved ｜ 🟨 partially_solved ｜ 🟥 unsolved ｜ 🟦 borrowed_from_virus ｜ ⬜ not_applicable / 虚线框 NOT_SEARCHED。VLP 列取自 VLP_Gate_Assessment.csv 原始记录层（每格 n=19–22）；过期的 VLP_Gate_Summary.csv 与原始表不一致，按纪律不予采用。病毒列与 LNP 列为 Inferred（待回填），设计 cage 列全部基于已核验 DOI。G6 在 VLP 表中未拆分 packaging/release，其 solved 值不构成「释放半边已解决」的证据。
21 条 G5 评估：10 条 unsolved、7 条 borrowed_from_virus、3 条 partially、solved 仅 1 条；按来源计：9 继承 / 10 缺失 / 2 工程化 / 0 条 de novo。
VLP 的 G4：solved = 0（众数是 not_applicable——很多平台根本不涉及环境触发）；而设计 cage（组氨酸网络）与 LNP（可电离脂质 pKa）的 G4 都是 solved。
VLP 领域从未把自己的核心假设写出来，但它全部的技术选择都预设了同一件事（Agent 把它命名为 IC-1）：「递送功能主要编码在病毒结构蛋白中，与复制机制解耦——保留壳、去掉基因组，就能在失去复制能力的同时保留递送胜任度。」Agent 用 190 条 platform×gate 记录检验了它：
这三个 gate 上继承数均大于工程数（G2 11:8、G3 14:5、G5 9:2）。eVLP 工程师从不重新设计融合机制，只是选择糖蛋白。J1：可移植性取决于被移植蛋白是否本来就是该 gate 的执行者，而非亲本病毒的分类地位。
HBV：远离核酸的衣壳装配域突变仍影响逆转录（Tan 2015，A 级）；>90% 分泌病毒粒子是空的，但含单链核酸的核衣壳被主动排除（Ning 2011）；AAV 空壳比满壳更耐热（Ebberink 2024）。cargo 不是惰性载荷，而是壳的物理性质的一部分。
天然 HBV 用 cargo 化学状态当「放行章」（单链阻断模型）。去掉基因组后这个门控不存在了——所以 VLP 的空壳/满壳比例问题不是纯化工艺不足，而是移除上游门控的必然结果。
关键对照：G5 是唯一纯继承 gate（9 继承 / 2 工程化）；G6 是唯一工程压倒继承的 gate（5 继承 / 13 工程化）——「装载已解决、释放未解决」。G4 solved=0：「有 pH 响应性 ≠ 具备可用 G4」（CCMV 的 pH 门方向是反的：酸性下锁得更紧）。
VLP 研究哲学文档不写感想，只写「若观察到 X 则本判断被推翻」的陈述。点击展开反证条件：
病毒做不了单因素对照（去掉必需蛋白就不再复制）；VLP 是非复制的，可以：①同一壳装不同 cargo；②去掉某个蛋白测递送表型；③只换糖蛋白改变 tropism。因此 VLP 文献是递送领域反事实证据的主要来源（J6）——但它的价值不在于 VLP 是好载体，而在于它是唯一能对病毒递送机制做单因素扰动的实验体系。
Baker 实验室谱系（RFdiffusion 系列、quasisymmetric cage）是「向病毒学习」最近的竞争者。Agent 提出了假设 C2b：设计领域已解决的 gate 与病毒的核心 gate 基本不相交（设计强在 G0/G2/G6，空白 G4/G5/G7）——然后按宪法要求，用 11 条候选反证逐条攻击自己的假设。结果：G4 子命题被推翻并正式撤回，其余成立。
两组分对称组装（T33/O33），证明计算设计可以造出自组装蛋白纳米笼。
兆道尔顿 I53 系列；Hsia 的 I3-01 标题即 "hyperstable"——超稳定是成功判据，因此没有 G6 解体路径。这是「目标函数错位」的化石证据。
设计 nucleocapsid 包装自身 mRNA；实验室进化只选出核酸酶抗性与血液存续（G0），没选出任何 G4/G5/G7——与「进化数据删失性」互为镜像。
埋藏组氨酸氢键网络驱动协同 pH 触发构象转移，pRO-2 在 pH 5–6 解体（落在内体窗口内）；noHis 变体无活性 = 因果对照；U2-OS 细胞读出。实验验证 + 不借病毒序列 + G4 功能，三项全中——C2b 的 G4 子命题被正式撤回。
Xu 的设计跨膜孔导电但常开、只通离子与小分子；Vorobieva 的跨膜 β 桶与天然 TMB 无同源性、可自发可逆折叠插膜。推翻了「膜活性必须借天然序列」这个辅助论点——但过的是离子，不是大分子 cargo。
RFdiffusion（骨架几何）→ AA（非蛋白分子）→ 2（关键侧链）→ 3（全原子，可条件化 DNA 与配体，bioRxiv 预印本）。全系列都不把「触发条件」作为可条件化输入。
Yang：G2（抗体）→G3（内吞）→G4（pH 解体，5.9–6.7 可调）→G6 包装，cryo-EM 与设计吻合——但 cargo 命运未被追踪，链条在 G5 缺失处断开。Shen：转变宽度 0.3 pH 单位、解体 <1 s、可逆。
ELP + 计算筛出的逃逸肽 EEP13（+48%），实现 mRNA/siRNA/蛋白的体内胞质递送。推翻了「蛋白载体做不到 G5」；但不推翻「生成式几何设计做不到 G5」——EEP13 来自肽库筛选而非从功能规格生成。这个定义边界被主动交给 Red-Team 复审。
Lee（一组分）：几何挫折驱动的自发对称破缺，T=3–36、180–2160 亚基、68–220 nm。Wang（两组分）：40–200+ nm、2–50+ MDa 达病毒 capsid 量级；EndoTag 靶向摄取（终点 LAMP1 = 溶酶体）、nanobody 招募 RNP 级 cargo、~60 nm cage 把 p53 挡在核外（L267K/R 对照，A 级）。gate 链达到 G2→G3→G6包装，在 G5 与 G6释放前停住。
截至本轮检索，生成式蛋白设计的可条件化目标空间是：
八组物理描述符里只有 geometry_topology 与 surface_identity 可直接条件化；trigger_logic 与 kinetics 完全不能。BoltzGen 的 "design specification language" 同样停在结构层。注意区分：Boyken 2019 编程了触发点，但那是人手设计的物理机制，不是生成模型从目标规格生成的——C2b 原假设混用了这两个论域，只有后者成立。
设计 cage 列在 G4 solved、G5「结构 solved / 功能 unsolved」、G6释放 与 G7 unsolved。断点恰好落在「单个物理性质」与「耦合的因果链」之间：
把 gate 规格（「pH 5.8±0.2 触发、转变宽度 <0.5」）经本体翻译为 RFdiffusion3 约束（埋藏组氨酸网络数量与几何），看预测转变点命中率是否显著高于「仅给文本提示」。这是本体作为约束通道主张的最便宜杀死点——做不出优势就该在湿实验前放弃。
用 Wang 2026 的尺寸系列（60/80/100/130 nm）测胞内扩散系数与区室分布，建立 geometry→host_context 约束曲线。在能「驱动」运输之前，先量化「约束」——且这条曲线对 LNP 同样适用，直接服务 C2。
把 Yang 式 pH 解体 cage 与 Boyken 式膜活性模块拼接：若 G5 与 G6释放独立可加，效率 ≈ 两模块乘积；若需时序耦合，则显著低于乘积。四个读出阶段分辨（摄取/定位/膜完整性/胞质活性），禁止总荧光替代。
诚实声明（新颖性 delta）：清楚的增量有两项——①四类载体 × 九 gate 的空缺模式本身是新分析产物；②把 gate–trigger–response–constraints 作为生成模型的约束通道而非数据。不清楚的有三项——这套递送本体框架相对「RFdiffusion 生成一批再筛」的样本效率增量未论证；本体相对「读论文手写约束」的规模增量未证明（三个接口不需要本体，数百条才需要）；C4 目标载体（测试床灵敏度：设计 cage vs 可制造性：LNP）存在未解决的内部矛盾。在 P12 benchmark 之前，这些质疑有效，不应被淡化。
最值得你带走的可能不是任何具体机制，而是这套工作方式：每条知识都有证据等级，每个主张都有杀死条件，每个缺口都如实标注而不是被填平。
264 条机制卡事件的分布（A+B 占 90.2%）。规则：等级由实验本身决定，不由期刊决定；综述作为唯一来源时上限为 D；宁可标 C 不虚标 A。另有正交的认识论三态：Observed 239 / Inferred 23 / Hypothesized 2。
禁止写 Adenovirus: endosomal escape 这种标签。每条知识必须是 22 列的完整记录：
缺失值三态严格区分：none（明确不存在）/ NA（文献未报告）/ NOT_SEARCHED（本轮未检索）——三者是下游缺失性建模的直接输入，混用即事故。
C0 主张「单一 schema 可无损表示所有体系的递送证据」，杀死条件是「≥2 类原型需要体系专属特例字段」。七张机制卡独立产出 71 处 schema 压力点，归并为 16 类通用缺口——其中 0 类需要体系专属字段。判决：C0 未被杀死，但「无损」措辞不成立——22 列是无损的 provenance 与状态记录层，不是无损的机制结构层。
这不是风格偏好，而是真实结构缺陷：把 furin AND ACE2 AND (TMPRSS2 OR pH+CatL) 压进一个字段，会让「pH 许可酶」与「pH 驱动构象」不可区分——这正是冠状病毒与流感的范式差异；更危险的是 NLP 解析会把 "pH below ~6 licensing the enzyme" 误读为 pH 阈值 6，恰是该卡负结果所排除的错误表示。三处最深的问题不是字段数问题：HIV 的 cargo 在途中改变自身化学（ssRNA→dsDNA）而这个变化本身就是开壳信号——建模单元错了，cargo 是时间变量不是枚举值；冠状病毒同一批颗粒相同前状态、六种不同结果，分支条件是连续变量却只能记文本；「该路径下此 gate 不存在」与「未被测量」在行级别同形。
trigger_conditions[]（结构化条件列表）、trigger_logic（single/AND/OR/tradeoff_surface/sequential）、event_agent（颗粒自身 vs 宿主机器）、event_type（含 stabilization——保住「不要拆开」这类记录）、physical_event_id（同一物理事件的多 gate 投影）、component_ids、target_membrane_requirement、heterogeneity（分布与胜任亚群）、failure_direction（insufficient/excessive/mistimed/mislocated）、value_is_bound、measured_in_system、evidence_source_depth 等；另建 component 表（解决「一个分子四种功能」）、event_relations 表（precedes/requires/branches_to/excludes/same_physical_event_as/conflicts_with——把冲突证据从 notes 升级为一等关系）与独立 Descriptor_Crosswalk 表。设计原则：只加通用字段；保持 v1 的 22 列为子集，264 条事件无需重写即可升级。VLP_Gate_Summary.csv 与原始 VLP_Gate_Assessment.csv 不一致（每 gate 少 2 条、solved 计数低 1–2，无法用任何排除规则调和）——判定为增补前计算的过期派生文件，修好前任何交付物不得引用。所有 VLP 数值从原始记录层重算。NA/abstract_only，明确禁止补猜。Reovirus 卡整体缺席即如实缺席。is_preprint；关键判决不得只依赖预印本；DeepDelivery 证据等级 C、abstract_only。unverified_citations.csv。按八组描述符组织（kinetics 113 / geometry 77 / host_context 71 / trigger_logic 65 / mechanics 47 / membrane 34 / electrostatics 34 / surface 24）。跨体系可比性判定：yes 仅 5 条、conditional 236 条、no 224 条——「病毒与 LNP 可对齐」（C2）目前拿到的是一张精确的条件清单，而不是一句口号。最典型的一例：病毒融合 pH 阈值与 LNP 表观 pKa 不是同一物理量——区间重叠只因同受内体 pH 窗口约束。共同描述符不应是一个 pH 数值，而应是四元组：阈值｜可逆性｜条件数与布尔逻辑｜激活速率相对区室成熟速率——病毒侧四项全已测，LNP 侧只测了第一项。
项目的骨架是 11 条可证伪主张 + 5 条零假设。规则（宪法 §11）：杀死条件一旦被触发，必须在下一份交付物中显式声明，不得静默绕过；也不得在获得结果之后放宽杀死条件。点击每条 claim 查看杀死条件与当前状态。
H0-global 病毒先验的表观增益可由参数量/数据量/泄漏/特征工程完全解释 ｜ H0-structure 门控级联相对扁平回归无优势 ｜ H0-alignment 所谓共同描述符只是把两类体系投影到互不重叠的子空间 ｜ H0-dimension 新增维度只是噪声与共线变量 ｜ H0-compilation 编译出的颗粒不优于同等工作量的常规配方优化。
若 H0-global 无法被拒绝，正确的产出是一篇诚实报告负结果的论文，而不是修改指标直到出现增益。
依赖链：C4 ← C3 ← C2 ← C1 ← C0；C0b ← C0；C2b ← C0；C2c ← C2b。任一层被杀死，上层自动失效，按下表退回——每一级都有体面的产出，没有「全或无」：
| 若失败于 | 退回到 | 仍可发表为 |
|---|---|---|
| C4 前瞻编译 | MPU（C0–C3 回顾性） | 资源+方法论文，前瞻作 outlook |
| C3 病毒先验增益 | C0–C2 | 本体+Atlas 资源论文，附诚实负结果 benchmark |
| C2 跨体系对齐 | C0–C1 | 病毒递送机制本体（不含 LNP 迁移主张） |
| C0 本体可表示性 | — | 项目终止，说明状态转移语言为何无法覆盖两类体系 |
C2b/C2c 的特殊地位：不在主阶梯承重路径上——即使被推翻，C3/C4 仍可成立。但它们决定论文的竞争定位：C2b 成立 = 本体填补的是生成式蛋白设计的真实能力缺口；被推翻 = 必须重新论证增量新颖性。因此 C2b 的检验优先级高于其 tier 暗示的顺序。
研究流程构建了 71 道机制题（八原型各 7 题 + 跨 gate 综合 15 题），全部是「为什么 / 如果……会怎样 / 如何区分」的机制题，没有名词记忆题。这里精选 12 题，答错会显示完整解析。